Turtlesit Maan Sisällä - Mutanttikilpikonnat törmäävät kadulla ystävälliseen dinosaurukseen, jota he päättävät seurata. Seikkailu vie heidät maapallon sisälle avautuvan kuilun kautta, jossa he löytävät salaperäisen, upeasti kimmeltävän kristallin. Tämä kristalli ei kuitenkaan jää rauhaan, sillä Silppuri ja hänen kumppaninsa ovat päättäneet saada sen haltuunsa, hinnalla millä hyvänsä.
Viides Turtles - Ilkeä Silppuri on saanut valloittavaksi suunnitelmakseen Yhdysvaltojen ydinvoimavaraston ja onnistuu varastamaan vaarallista ainetta. Kuitenkin, kun teini-ikäiset mutanttikilpikonnat saavat tietää hänen aikeistaan, he eivät jää toimettomiksi. Apunaan 12-vuotias poika, joka haaveilee rohkeudesta ja mutanttikilpikonnaksi muuttumisesta, he ryhtyvät vastaiskuun.
Splinterin Muodonmuutos - Kun mutanttikilpikonnat löytävät pienen määrän ainetta, joka aikanaan muutti heidät ja heidän mestarinsa, Splinterin, nykyiseen muotoonsa, tapahtuu jotakin ihmeellistä. Splinter suihkuttaa ainetta päälleen ja muuttuu jälleen ninjasoturi Yoshiksi. Ihmishahmossaan hän suuntaa viemäreihin etsimään Silppuria ja pelastamaan ystävänsä.
