Salaperäinen tapahtumaketju vie teini-ikäiset mutanttininjakilpikonnat - Donatellon, Leonardon, Michelangelon ja Raphaelin - aikamatkalle vuoteen 1603 Japaniin. Siellä he kohtaavat kipakan soturiprinsessan (Vivian Wu), joka puolustaa maataan julmalta sotaherralta (Sab Shimono). Asiat mutkistuvat, kun brittimerirosvo (Stuart Wilson) astuu kuvaan, tuoden mukanaan omat, ovelat suunnitelmansa sodan suhteen. Samaan aikaan modernissa New Yorkissa Mestari Tikku, Casey Jones (Elias Koteas) ja April O'Neill (Paige Turco) yrittävät selvittää, mitä nuori samurai tekee suurkaupungin kaduilla.
