Teini-ikäiset mutanttininjakilpikonnat, Michelangelo, Donatello, Raphael ja Leonardo, kohtaavat vanhan tuttunsa, mystisen Mönjän, joka on kaiken pahan alku ja juuri. Tämä salaperäinen Mönjä on se, joka muutti heidät tavallisista kilpikonnista mutanteiksi. Kun pahantahtoinen Silppuri saa käsiinsä professori Jordan Perryn (David Warner) ja radioaktiivisen Mönjän, hän käyttää tätä voimaa luodakseen taitavan armeijan, joka aiheuttaa kaaosta New Yorkin kaduilla.
Viisaan ja kookkaan ninja-mestari Tikun sekä uuden ystävän, napakkapotkuisen Ernie Reyes Jr:n, avustuksella Turtles-nelikko suuntaa kohti kaikkien aikojen suurinta taistelua. Liity heidän mukaansa tässä jännittävässä seikkailussa, jossa ystävyys ja rohkeus ovat avain voittoon!
