Yhdysvaltain armeijan majuri Bennett Marco (Denzel Washington) kiertää esitelmöimässä siitä, miten hänen joukkueensa koki väijytyksen Persianlahden sodan pyörteissä ja miten kersantti Raymond Shaw (Liev Schreiber) urheudellaan pelasti sotilastoverinsa. Marco kärsii kuitenkin merkillisistä painajaisista, jotka antavat viitteitä siitä, että aavikolla ehkä tapahtuikin jotain ihan muuta kuin hän ja hänen miehensä muistavat.
Shaw on puolestaan sotasankaruutensa ja häikäilemättömän senaattoriäitinsä (Meryl Streep) ansiosta edennyt poliittisella urallaan tavoittelemaan peräti varapresidenttiehdokkuutta. Kaikki epäilevät vahvasti Marcon mielenterveyttä tämän pyrkiessä epätoivoisesti pelottavan salaisuuden jäljille, mutta mitä pidemmälle hän tutkimuksissaan pääsee, sitä pahemmin näyttävät demokratia ja länsimainen yhteiskuntajärjestelmä olevan uhattuna.
Mantsurian kandidaatti on nykyaikaan sijoitettu versio Frank Sinatran ja John Frankenheimerin unohtumattomaksi tekemästä vuoden 1962 elokuvasta. Kylmästä sodasta on siirrytty sotaan terrorismia vastaan ja rahan valta on ottanut entistäkin tiukemman otteen yhteiskunnasta.
