Kauan sitten Arceus, kaikkien Pokémonien luoja, lainasi osan valtavasta Elämän jalokiven voimasta auttaakseen Michinan kaupunkia vaikeina aikoina. Valitettavasti tämä uhraus johti petokseen, kun voima jäi palauttamatta. Nyt Arceus palaa kostohaluisena ja lyömättömänä, aikomuksenaan ottaa takaisin varastettu voimansa.
Vaikka Dialgan, Palkian ja Giratinan voimat yhdistyvät, ne eivät riitä pysäyttämään Arceuksen murskaavaa läsnäoloa eri ulottuvuuksissa. Ash ja hänen uskolliset ystävänsä ovat keksineet uuden tavan hyvittää muinaista petosta, mutta ehtivätkö he palauttaa Elämän jalokiven ennen kuin Arceus tuhoaa heidän maailmansa lopullisesti?
