Kello on 3 aamuyöllä ja Manhattanin pilvenpiirtäjässä sijaitsevan huippuasianajotoimiston valot hehkuvat viitaten kiihkeään työntekoon. Nerokas asianajaja Arthur Edens (Tom Wilkinson) kertoo Milwaukeen vankilassa mikä sai hänet riisumaan kaikki vaatteensa kesken todistajanlausunnon. Keskellä maaseutua, Michael Clayton (George Clooney) ajaa tien sivuun haukatakseen happea. Saman tien hänen autonsa räjähtää.
Näiden tapahtumien yhdistävä tekijä on Michael Clayton. Kyseisen asianajotoimiston perustajajäsenen, Marty Bachin (Sydney Pollack) käskystä Clayton hoitaa Kenner, Bach & Ledeenin likaiset hommat. Hän siivoaa asiakkaiden sotkut - onnettomuuspaikalta pakenemiset, lehdistöön vuotaneet tiedot, näpistelevät vaimot tai kierot poliitikot.
Nyt hänet määrätään raivaamaan Edenin romahduksen aiheuttamat vahingot. Loppuunpalanut ja työhönsä tyytymätön Clayton huomaa, että tällä kertaa tapauksen taustalla vaanii jotain poikkeuksellisen pahaa. Ensimmäistä kertaa pitkän uransa aikana hän päättää etsiä totuutta sen hautaamisen sijaan.
