Alex-leijona, Marty-seepra, virtahepo Gloria ja kirahvi Melman yrittävät edelleen kaikkensa päästäkseen takaisin kotiin rakkaaseen Isoon omenaansa. Mukana seikkailussa ovat tietenkin myös Kuningas Julien, Maurice ja pingviinit. Matka vie heidät läpi Euroopan, jossa he löytävät täydellisen piilon: kiertävän sirkuksen. Kaverukset panevat sirkuksen täysin uusiksi - Madagascarin tyyliin.
