Eleltyään Ninjago valtakunnassa jonkin aikaa kaikessa rauhassa ninjasankarit kohtaavat uuden vaarallisen vihollisen. Lloyd Garmadon - heidän perivihollisensa Lord Garmadonin poika - on päästänyt irti neljä muinaista käärmelajia, joilla on taikavoimia ja -aseita. Laivahylky ajelehtii uuteen ninjapäämajaan, ja kekseliäs Jay tekee siitä lentävän linnakkeen. Ninja-aseet näyttävät olevan tehokkaampia kuin päältä katsoen luulisi. Sensei Wu opettaa ninjoille, miten aseet muu-tetaan mahtaviksi ajoneuvoiksi, joita voidaan käyttää taistelussa käärmeitä vastaan. Ninjat jakautuvat kahteen leiriin kuunnellessaan vanhaa legendaa: Yksi ninjoista nousee ylitse muiden ja muuttuu Vihreäksi ninjaksi, jonka on määrä käydä ratkaiseva taistelu... Kuka se mahtaa olla?
