Ninjago valtakunnassa on eletty rauhallista aikaa, mutta nyt ninjasankarit kohtaavat pelottavan uuden vihollisen. Lloyd Garmadon, Lord Garmadonin poika ja heidän ikivanha vihollisensa, on vapauttanut neljä muinaista käärmelajia, jotka omaavat maagisia voimia ja pelottavia aseita. Yksi laivahylky on ajautunut uuteen ninjapäämajaan, ja keksijä Jay muuttaa sen lentäväksi linnakkeeksi. Ninja-aseet osoittautuvat olevan tehokkaampia kuin aluksi luultiin. Sensei Wu opettaa ninjoille, kuinka aseet voidaan muuntaa voimakkaiksi ajoneuvoiksi, joita käytetään taisteluissa käärmeitä vastaan. Ninjat jakautuvat kahteen leiriin kuunnellessaan vanhaa legendaa: yksi heistä nousee ylitse muiden ja muuttuu Vihreäksi ninjaksi, jonka on kohtalokkaasta taistelusta. Kuka hän mahtaa olla?
