Paettuaan labyrintista post-apokalyptiselle aavikolle, Thomas ystävineen viedään militarisoituun W.C.K.D. tukikohtaan, jossa heidän luvataan olevan turvassa. Pian Thomas (Dylan O'Brien) saa kuitenkin selville kavalan salaisuuden heidän niin kutsutuista suojelijoistaan. Yhdessä ystäviensä (Kaya Scodelario, Thomas Brodie-Sangster, Ki Hong Lee) kanssa hänen täytyy luottaa labyrintissa opittuihin kykyihinsä ja rohkeuteensa selviytyäkseen vaarallisesta pakomatkasta aavikon halki. Päästäkseen vapauteen heidän on taisteltava rankkoja olosuhteita ja tartunnan saaneita asukkaita vastaan, uhmatessaan voimakasta organisaatiota, joka ei aio päästää heitä pakoon.
