Veljekset Edward ja Alphonse Elric ovat hyvin koulutettuja alkemisteja, mutta kun he yrittävät luoda kuolleen äitinsä uudelleen niin jotain menee pahasti pieleen. Alkemistinen reaktio pakottaa Edwardin panemaan ruumiillisesti vaurioituneen veljensä keinotekoiseen haarniskaan, kunnes hän pystyy keksimään miten voi palauttaa veljensä ennalleen.
Neljä vuotta myöhemmin yhteiskunta on valtiollisen tarkkailun alaisena. Kapinalliset on murskattu ja diktatuuri haluaa päästä käsiksi salaperäiseen kiveen, jonka sanotaan tuovan totaalista valtaa omistajalleen. Yksinäinen alkemisti etsii samaa aarretta menneisyyden muuttamisen toivossa. Mutta valta kulkee käsi kädessä kuoleman kanssa. Kuka heistä löytää Viisasten kiven?
