2099: Soldier Protocol sijoittuu lähitulevaisuuteen, jolloin maailman hallitukset ja viranomaiset toimivat harmaalla alueella turvallisuuden ja etnisen korrektiuden suhteen. Vammainen Matthew Mills (Jackson Gallagher) istuu vankilassa. Satoshi-Telefair Industriesin hallitus tarjoaa hänelle tilaisuuden osallistua vapaaehtoisena uuteen kokeeseen, jonka avulla Matt pääsisi jälleen kävelemään. Kun hän on saanut pistoksen nanoainetta N-B2C4B, hänen elämänsä ei palaa enää koskaan entiselleen.
